蒲田教会は1924年、日本メソジスト銀座教会蒲田伝道所として発足。その3年後に斎藤末松牧師により、日本メソジスト蒲田教会が設立されました。
1940年、現在の地に会堂を建築し、1941年には戦時中下の政府の要請により日本キリスト教団蒲田教会と改称しました。 

1945年、空襲により蒲田教会が全焼し、会員も離散しましたが、1950年、蒲田教会再建のため斎藤忍牧師が伝道を再開。翌年に新たな会堂が竣工され、竣工直後の特別伝道会では賀川豊彦氏による講演が行われました。 

 その後、教会堂の老朽化のため新会堂建築の計画が進められ、2005年12月に現在の蒲田教会会堂が完成しました。 

 伝道所として発足してから約100年、地域の人々に愛される教会として歩み続けています。 

蒲田教会が属している日本キリスト教団には、青山学院、明治学院、東洋英和、フェリス、桜美林、同志社、関西学院など、多くの関連学校があります。